錄調(diào)控研究中公共數(shù)據(jù)整合分析思路.jpg)
08月27 蛋白主流程任務(wù)投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農(nóng)學和醫(yī)學兩大類分析平臺，醫(yī)學分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學分析平臺可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點擊左側(cè)導航分析->農(nóng)學或者醫(yī)學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。
三、創(chuàng)建項目名稱
為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內(nèi)容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。
四、選擇輸入文件
- 蛋白鑒定表格：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定的結(jié)果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為蛋白ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結(jié)果文件會直接推送到客戶賬號下，文件夾名稱為合同編號，可直接導入使用）
- 蛋白數(shù)據(jù)庫：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定所用的數(shù)據(jù)庫。不同數(shù)據(jù)庫得到的蛋白ID格式不同。這里給出了常用的uniport數(shù)據(jù)庫和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫。如果需要和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，建議使用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫,并且可以輸入轉(zhuǎn)錄組的注釋信息文件，百邁客的轉(zhuǎn)錄組項目會自動生成此文件，也可以下載示例查看具體的格式）。
五、綜合選項
- 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
- Kegg注釋物種分類：點擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類別
- 報告名稱：可以自定義方便區(qū)分的報告名稱，可以使用默認名稱
- 物種名稱：支持自定義物種名稱，與后期生成的任務(wù)名稱相關(guān)聯(lián)
- 標準化方式：否：不進行標準化；總峰面積：表示每個樣本中的每個蛋白除以該樣本總的峰面積；加和方法：先計算單個樣本所有蛋白的sum值, 再用sum值除以幾個樣本sum值中最大的，得到偏差系數(shù)，最后用蛋白/樣本的偏差系數(shù)得到標準化后的值。此處iTRAQ項目數(shù)據(jù)已經(jīng)進行過歸一化，可以選擇否，lable-free項目推薦總峰面積
六、差異分組設(shè)置
根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。
- pvalue值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇2.（此處設(shè)置的的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）
- 分組設(shè)置：有幾組生物學重復就在左側(cè)的分組池中添加相應(yīng)數(shù)量的分組，再從右側(cè)的樣品池中選樣本加入相應(yīng)的分組中，1個樣本只能屬于一個分組且一個分組的樣本數(shù)目不少于2個（這里需要修改分組名稱，分析完成后不可修改）
- 差異分組設(shè)置
根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）
七、生成標準分析報告
參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務(wù)時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。
點擊報告右上角的項目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉(zhuǎn)換而來，方便您進行報告打印；結(jié)果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。