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G測序數(shù)據(jù)

6735

個樣本數(shù)據(jù)

4666

篇研究相關(guān)文獻

75

篇影響因子10分以上文獻

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功能信息涵蓋

公共數(shù)據(jù)分析思路

分析思路1

 

共表達分析中,整合大量相關(guān)公共樣本測序數(shù)據(jù),可構(gòu)建出相較于常規(guī)樣本量下可靠度更高的基因共表達網(wǎng)絡(luò),從而基于該網(wǎng)絡(luò)進行更加準確的后續(xù)分析:a)預(yù)測目標轉(zhuǎn)錄因子的下游調(diào)控基因、目標調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子;b)預(yù)測ncRNA與mRNA之間的靶向關(guān)系;c)基于網(wǎng)絡(luò)中已知功能基因推測同網(wǎng)絡(luò)中其他功能未知基因功能;d) 將每個共表達模塊分別作為一個整體,計算其與各組織或各發(fā)育時間點之間的相關(guān)性,建立各組織相關(guān)或各時期相關(guān)基因表達網(wǎng)絡(luò)……

支撐文獻:

[1] Wisecaver JH et al. A Global Coexpression Network Approach for Connecting Genes to Specialized Metabolic Pathways in Plants. Plant Cell. 2017
[2] Yu C et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015

分析思路2

 

研究某一類基因的轉(zhuǎn)錄水平在不同處理下(或不同組織部位間、或不同發(fā)育時間點等)的變化規(guī)律,可整合多個類似研究中的公共測序數(shù)據(jù)來共同揭示該變化規(guī)律,使結(jié)果更加可靠。

支撐文獻:

[1] Patil G. et al. Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis. BMC Genomics. 2015

[2] Matthijs M et al.Profiling of the Early Nitrogen Stress Response in the Diatom Phaeodactylum tricornutum Reveals a Novel Family of RING-Domain Transcription Factors. Plant Physiol. 2016

其他分析思路

 

1. 整合同一物種公共測序數(shù)據(jù),構(gòu)建物種完備轉(zhuǎn)錄本序列參考集,用于后續(xù)功能分析。

支撐文獻:

Iyer MK et al. The landscape of long noncoding RNAs in the human transcriptome. Nat Genet. 2015
2. mRNA-ncRNA聯(lián)合分析中,利用公共數(shù)據(jù)補充其中一種類型的RNA測序數(shù)據(jù)。

支撐文獻:

Liu X et al. MicroRNA-mRNA regulatory networking fine-tunes the porcine muscle fiber type, muscular mitochondrial respiratory and metabolic enzyme activities. BMC Genomics. 2016

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